牙王国政府派驻菲律宾最高军政长官被兰芳军队生擒，马尼拉城内的抵抗也在一个小时之后完全终结，剩下的西班牙武装力量全部交出武器，举着白旗向城内的兰芳军队投降
共和国二年四月十七日，西班牙在菲律宾殖民统治的政治经济军事中心马尼拉被兰芳军队正式攻破
兰芳军队击杀西班牙殖民军队超过千人，杀死少将一名，准将一名，生擒军官三十二人，包括马尼拉总督何塞
此战过后，马尼拉总督府被正式改为兰芳共和国吕宋州州政府驻地，西班牙的殖民旗帜被完全焚毁，代表兰芳的日月红旗被高高升起，飘扬在马尼拉城内的每一个角落
不过这对于兰芳共和国的菲律宾攻略来说，只是一个开始
马尼拉城从十六世纪后期开始就成为了整个南洋地区的商品贸易中心，即使在西班牙衰落、尼德兰崛起的大背景下，马尼拉城的商业地位也没有受到太大的影响
在马尼拉城内，不仅有西班牙白人和本地土著居民，也有中国人，日本人，朝鲜人，越南人，暹罗人等等各个国家的人，他们基本上都是来经商的商人
在西班牙统治时期，他们虽然被安排住在马尼拉，但是各自有各自的生活社区，活动自由被马尼拉当局严格限制，一般不能自由离开所居住的社区，否则就会遇到严惩
这些各国商人的居住社区一般都在马尼拉城的边角处，整体呈现一个环绕着内城西班牙人居住区的格局，处处彰显西班牙人高傲和优越的地位
讽刺的是，因为兰芳军队的攻击主要是冲着内城西班牙人居住区而去的，所以边边角角处的各国商人社区和外城的菲律宾本地人反而没有受到战火的严重波及
这再一次贯彻了马尼拉当局西班牙人优先的准则
赵学宁来马尼拉不单单是为了征服，更是为了统治，而马尼拉最大的价值不仅在于它的区位优势，也算是在于这城中来自各国的商人和他们背后所代表的各国的商业资本，乃至于官方渠道
所以赵学宁在军队进城之前就宣布，只诛杀西班牙人和他们的帮凶二鬼子，对于其余本地居民和各国商人要做到秋毫无犯，严格遵守军队纪律，不滥杀，不抢掠，如果有触犯者，军法从事，绝不姑息
于是兰芳军队入城之后，严格遵照赵学宁的要求，傍晚时分结束战斗，一个晚上的时间整理残局
第二天一早天色大亮之后，城内各国商人社区内战战兢兢的各国商人都很意外的接到了来自赵学宁的邀请函
赵学宁邀请各国商人派遣代表到州政府一叙，共商战后商业事宜
各国商人们你看看我，我看看你，虽然心有惴惴，但也不敢违背马尼拉城的新主人，生怕被他一枪崩掉，于是只能推举各自的代表前往州政府和赵学宁见面
兰芳共